Quando é feita a contagem do estoque, o sistema compara o que estava registrado antes com o que foi encontrado na contagem usando esta fórmula:

       | Estoque da contagem - Estoque antes da contagem = Diferença |

Você tinha 1 unidade registrada no sistema, mas na contagem encontrou 2 unidades.

       |  2 - 1 = 1

A diferença ficou -1, o que significa que existe 1 unidade a mais em relação ao que estava registrado anteriormente.

Um outro exemplo

Você tinha 5 unidades registradas no sistema, mas na contagem encontrou apenas 2 unidades.

      |  2 - 5 = -3

A diferença ficou -3, o que significa que existem 3 unidades a menos do que o sistema informava.

Como interpretar a diferença:

Diferença negativa (-): foi encontrada uma quantidade maior do que a registrada no sistema. Há sobra de estoque.

Diferença positiva (+): foi encontrada uma quantidade menor do que a registrada no sistema. Há falta de estoque.

Por isso, normalmente os itens com diferença positiva podem ser considerados como um possível prejuízo, já que o sistema indicava que existiam mais unidades do que realmente foram encontradas.